Rozmanité mikrofotografické techniky nalézají v současnosti široké uplatnění zejména v přírodních vědách, ať už v geologii při analýze mikroskopické stavby hornin nebo v biologii při studiu povrchových i vnitřních struktur jednobuněčných mikroorganismů i buněk jako součástí tkání. Díky nevšednosti, estetické působivosti a především takřka nekonečné rozmanitosti mikrosvěta je mikrofotografie v neposlední řadě též objektem zájmu výtvarně zaměřených fotografů.
Jedním z průkopníků mikrofotografie byl německý lékař Robert Koch, který ji v 70. letech 19. století využil při výzkumu anthraxu.
